Folding na Linuxu kroz virtuelnu masinu

Zašto se uopće mučiti sa ovim, kada već imamo smp klijente za windows? Odgovor je veoma jasan. Svi znamo kako su windows smp klijetni stabilni, koliki ppd daju. Situacija sa Linux smp klijentom je ponešto drugačija. Linux smp klijent je stabilniji, brži, daje veći ppd... Prvenstveno za ovo je odgovorna A2 jezgra ( a2 core) koja se koristi u linux smp klijentu, koja je kudikamo stabilnija od a1 jezgre (a1 core) a i brža.A2 jezgra jos nije ugledala svjetlo dana na windows platformi a ne zna se ni da li će ikada izaći za windows platformu. No, velika većina nas ne moze da živi bez naših dragih windowsa, pa tako ne dolazi u obzir da instaliramo Linux u zamjenu za windowsa. No, da li postoji drugi način, da istovremeno imamo i windows i linux. Naravno, da postoji. Dual boot ili pak virtualizacijski software, koji nam omogućava da na HOST OS-u izvršavamo Virtelnu mašinu, druge operativne sisteme. Iako i dual boot zvuci primamljivo, ipak moram se stalno šaltati izmedju Linuxa i windowsa. Ali je ovaj drugi način daleko privlačniji. Za virtualizacijski software odlučili smo se za VMware, čija se probna inačica može preuzeti na http://www.vmware.com/download/ws/. Iako je ovo upustvo pisano za VMware, ono se moze uspješno primjeniti i na Virtual PC virtualizacijski software (koji je besplatan), za razliku od VMware-a, ali ponešto i oskudniji sa opcijama.Načelno radi se o istim radnjama, iako su one zakopane u ponešto drugačije menije.

Cjelokupni vodič će biti podijeljen u nekoliko osnovnih koraka.

1.Instalacija VMware aplikacije

2.Kreiranje Virtuelne mašine

3.Podešavanje Virtuelne mašine

4.Instalacija OS unutar Virtuelne mašine

5.VMware Tools

6.Povezivanje Virtuelne mašine na Internet

7.Instalacija Linux SMP klient

==================================================


1.Instalacija VMware aplikacije
Ova instalacije se ne razlikuje od standardnih instalacija programa na koje se velika većina korisnika već navikla. Potrebno je preuzeti/kupiti vmware aplikaciju sa oficijelnog weba i pokrenuti instalaciju. Next, Next... i gotovo.

2.Kreiranje Virtuelne mašine
Nakon što je instalacija završena potrebno je pokrenuti vmware.


Izabrat ćemo New Virtual Machine. Odabrat ćemo Typical ( recommended) i kliknuti na Next. U slijedećem dijaloškom okviru odabrat ćemo I will install the operating system later i kliknuti na Next. Za operativni sistem ćemo izabrati Linux a za verziju Ubuntu 64-bit i sve potvrditi sa Next . U prvo polje kao Virtual machine name stavite naziv virtuelne mašine (Ubuntu 64-bit). Location, odabiremo gdje ćemo staviti Hard disk od virtuelne mašine. Poželjno ga je stavite na particiju koju ćete najmanje koristiti u radu, ili pak još bolje ako možete odvojiti posebni fizički HDD samo za virtelnu mašinu ili pak možete staviti 2 virtuelne mašine na jedan fizički disk. Za veći broj VM-a se drastično degradiraju performanse diska. Naravno, ako stavljate virtelnu mašinu na disk na kojem se nalazi HOST OS imajte i to na umu. Klik na Next vodi nas na jos jednu formu gdje moramo izabarati Maximum disk size, 10-tak GB je sasvim dovoljno za našu radnju, tj. folding. Izaberite ,isto tako, Store Virtual Disk as a single file i Next. Na ovoj, zadnjoj, formi će nam biti prezentirani osnovni podaci o našoj virtuelnoj mašini. Klikom na Finish završit ćemo sa kreiranje virtelne mašine.



3.Podešavanje Virtuelne mašine
Klikom na Edit virtual machine settings dolazimo do prozora u kojem možemo podesiti osnovne stvari vezane za našu virtuelnu mašinu



#Processors - postaviti na 2

#Povezivanje naše VM na LAN u kojoj se nalazi HOST mašina. Iz izbornika EDIT izabrati Virtual Network Edit, izabrati tab Host Virtual Network Mapping, dolje, kao VMnet0: izabrati mrežnu karitcu putem koje se spajate na ADSL/cable modem/ruter. Sa OK zatvaramo i spremamo učinjenje izmjene. Sada ponovo idemo na Edit vitual machine settings izabiremo Network adapter izabiremo VMnet0(default Bridged)

#Memory - ovo zavisi od toga kakve WU ce vas Linux SMP klient obradjivati, za big WUs min je 800 MB.

4. Instalacija OS unutar Virtuelne mašine

Za početak morate imati .iso file operativnog sistema na disku, naravno moze se instalirati i sa DVD-a, ali zgodnije je učitati iso fajl u emulirajući uredjaj, jer će kopiranje potrebnih fajlova biti brže tokom instalacije.Korištena je ubuntu-8.04.1-desktop-amd64 verzija OS-a. Potrebna je 64 bitna verzija Linuxa, jer Linux smp klient radi samo pod 64-bitnim okruženjem.



Sada palimo našu virtuelnu mašinu i instalacija Ubuntu-a može da otpočne. Pretpostavit ćemo da znate kako instalirati ovaj OS, razlike u odnosu na instaliranja na fizičku mašinu gotov i nema.




5.VMware Tools
Ovaj skup drivera nam služi za što bolju integraciju VM-a sa HOST mašinom. Bez ovoga neće mnoge stvari raditi, stoga se ovo mora uraditi.
Prije nego li krenemo sa instalacijom VMware tools-a poželjno je da se omogući root korisnički račun i da se ulogirate na njega. Čisto radi izbjegavanja frustracija na koje bi mogli naći manje iskusni korisnici prilikom instalacije Linux smp klijenta.
U okviru Ubunuta System ->Administration->Users and Groups i omogućiti root korisnički račun i postaviti šifru na njega. E kada smo to fino sredili idemo na instalaciju VMware toolsa. Iz VM padajućeg izbornika izabrati Install VMware Tools...




Potrebno je označeni folder ekstraktovati u folder. To ćemo uraditi tako što ćemo dvokliknuti na njega i odabrati Extract u folder VM.
Pokrećemo sada Terminal ( Applications ->Accessories->Terminal)

I sačekamo malo dok se instalacija završi. Instalacija može malo da se oduži. Sada imamo VM koja ima svoju maksimalnu funkcionalnost.

6.Povezivanje Virtuelne mašine na Internet
Sada je vrijeme da našu virtuelnu mašinu spojimo na Internet.
Koristen je BiHnetov ADSL na kojeg je moguće praviti simultane pppoe konekcije.

Dalje, je potrebno unijeti svoje podatke od korisničkog računa ( username i korisničku šifru)
EDIT: Ovdje mozete iskoristiti i ugradjenu NAT podrsku koju vmware ima. Ukoliko izaberete NAT tada ce vasa VM koristiti konekciju koju uspostavlja HOST masina prema Internetu.

7.Instalacija Linux SMP klijenta

# Potrebne su nam odredjene 32-bitne biblioteke iako se radi o 64-bitnom klijentu, stoga ih prvo instaliramo.

# Kreiranje foldera, browsanje do folding foldera skidanje klijenta i ekstraktovanje u folder folding u okviru root foldera.

Code:

root@linux1:~# mkdir -p ~/folding
root@linux1:~# cd ~/folding
root@linux1:~# wget http://www.stanford.edu/group/pandegroup/folding/release/FAH6.02-Linux.tgz 
root@linux1:~# tar xzf FAH6.02-Linux.tgz

# Konfiguracija klijenta se ne razlikuje od konfiguracije console verzije windows smp klijenta

#Pokretanja klijenta:

U mom slučaju, brojke ovako govore.
U sistemu imam 6 GB RAM uparenih sa i7 920 CPU om na 3.3 GHz, napravio sam dvije ovakve virtuelne mašine. Svaka virteulna masina je dobila 1 GB rama. Svaka Virtuelna masina ostvaruje ppd od 2800, dakle, ukupan ppd na i7 920 CPU je 5600, sto je daleko vece od 2500 ppd koji sam dobija pod windows smp klijentom.S druge strane, uz sve moje napore da uspijem srusim linux smp klijent nisam uspio. Radio sam iznenadne restartove, gašenja Virtuelnih mašina čak i cijelog PC -a u uvijek nakon ponovno startanja linux smp klijenta počinje od zadnjeg checkpointa i nastavlja dalje.

 

Re: Folding na Linux kroz virtelnu masinu

svaka cast moncho. ja bih napomenuo, ako neko vrti 64-bitni os, da ovo ne pokusava bez 3GB ram-a, jer nece moci komotno raditi pored virtuelne masine. evo ja imam vistu 64-bitnu, trenutno pokrenut vmware, msn, gpu client i firefox, i tacno mi 3GB zauzeto.

 

Re: Folding na Linux-u kroz virtuelnu masinu

imam ja jedno pitanje vezano za ubuntu 9.04 treba mi driver za maticnu asrock P4i65G a na asrockovij stranici ima samo za windowse....ima li neko rijesenje???

 

Re: Folding na Linux-u kroz virtuelnu masinu

trazi na sajtovima od proizvodjaca chipseta nema potreba da bilo sta instaliras od drivera. sve sto je moncho objasnio, se odnosi na graficki mod rada linuxa. u slucaju da ti linux nije ok prepoznao graficku, linux ce startovati u tekstualnom modu, i sva podesavanja su jako slicna onom sto je moncho opisao, samo sto sve radis komandama. nesto kao stari DOS trenuto, ja vrtim linux u tekstualnom modu, jer sam nesto zezno sa update-om, i ne radi mi graficko okruzenje. ovako mi samo manje rama jede, sve ostalo radi ko doksa

 

Re: Folding na Linux-u kroz virtuelnu masinu

Hvala Moncho, dobro pripremljeno!

 

Ovo sam pokusavao i prije ovog guida sa 3 razlicita Linux-a (Ubuntu, Kubutnu i neki Debian) i uvijek mi kaze error:

Code:

"bash: ./fah6: No such file or directory" 

prilikom pokretanja ovih komandi

Code:

root@konjislav:~/folding#  wget http://www.stanford.edu/group/pandegroup/folding/release/FAH6.02-Linux.tgz
root@konjislav:~/folding# tar xzf FAH6.02-Linux.tgz
root@konjislav:~/folding# ./fah6 -configonly

 

Jesi li skinuo ia32-libs?

 

provjeri je li ti ispakovao arhivu FAH6.02-Linux.tgz
provjeri jesi li usao u folder folding. koristi komandu

Code:

cd

za ulazak u direktorij (promjenu direktorija), i komandu

Code:

dir

za izlistavanje sadrzaja direktorija da vidis jesu li svi fajlovi na broju, a medju njima i fah6. znaci, moras biti u direktoriju gdje je fah6 fajl, da bi izvrsio komandu

Code:

./fah6

 

Jest, do toga je bilo. Thx Enise. Pokrece see kako treba, pretpostavljam da ce sve raditi kako treba.

 

ja nisam skidao nikakav ia32-libs :roll:

 

Mozda imas 32-bitnu verziju Ubuntua ili si skinuo update.

 

64-bitna verzija je. update sam uradio kasnije, i jedina razlika je sto mi nece graficko okruzenje nakon update-a. sve radim iz shell-a

 

evo da napisem na koji nacin sam ja rijesio monitoring fah clienta na linuxu:

1. uradite sve onako kako je moncho objasio u svom uputstvu, da biste dobili funkcionalan smp client. u home folderu trebate dobiti folder folding, pozicionirajte se u njega i pokrenite smp client komandom ./fah6 -smp -verbosity 9, a dalje prema sljedecim koracima:
2. desni klik na folder folding, pa odaberete Sharing Options
3. nakon sto kliknete na checkbox Share this folder, linux ce vam ponuditi instalaciju Samba servisa, prihvatite to, i on ce ubrzo biti instaliran, i dobit cete poruku kao na sljedecoj slici

nakon sto kliknete na Close dugmic sa prethodne slike, na dijaloskom okviru checkirate i preostale dvije opcije, vezane za promjenu tog foldera, i davanje ovlasti za pristup tom folderu bez autorizacije.


time ste sherovali taj folder, i od tog trenutka ubuntu (a i folder folding) ce biti vidljiv iz windowsa, kao sto je kod mene na sljedecoj slici:


sljedece sta treba uraditi jeste saznati ip adresu na virtuelnoj mreznoj kartici koju koristi ubuntu. pokrenemo Terminal u okviru ubuntua, i u njemu otkucamo komandu ifconfig. kao rezultat cemo dobiti sve parametre vezane za tu mreznu karticu, a medju njima je i ip adresa.


sada trebamo u FahMon clientu navesti putanju do tog dijeljenog foldera u okviru ubuntua. umjesto putanje oblika C:\Users\Username\AppData\Roaming\Folding@home-gpu\

navodimo putanju oblika:
\\ip_adresa_mrezne_kartice_na_ubuntu\folding\ i to je to
kod mene to ovako izgleda


eto nadam se da sam nekome pomogao. iskreno, ja sam patio sa instalacijom FahMon-a na linux, i nisam uspio. trazi neki GTK+, instaliram to, onda trazi neki CURL, instaliram to, onda trazi nesto trece, i odustao sam nakom pola dana zajebavanja. slicno je i sa drugim programima za monitoring, koji mogu na linux.

 

Ista stvar ovdje. Linux me voda tamo, vamo, tamo, vamo, te sam prestao pokusavati instalirati FAHMON na linuxm, mada sam na namjestio sharing i bez ovog vodica, ali mi javlja ovu gresku:

 

ocito nisi dobro podesio permisije. kao da nemas checkiranu zadnju opciju kao na mojoj drugoj slici.

 

1. Prvo je potrebno instalirati neke stvari prije nego sto krenemo sa kompajliranje samih binaries fajlova potrebnih za instalaciju FaHmon aplikacije.

Code:

sudo apt-get install g++ 
sudo apt-get install libwxgtk2.8-dev
sudo apt-get install libcurl3
sudo apt-get install libcurl4-openssl-dev

( ukoliko se logirate na linux masinu preko root accounta, onda ovo sudo je suvisno)

2. Skidamo binaries fajlove, extractujemo ih u odgovarajuci folder

Code:

http://fahmon.net/downloads/current.php?linux

Sada ovu arhivu extractujemo u folder fah.

3. Putem terminala odemo do tog foldera u kome se nalaze nasih binaries fajlovim netom skinuti i extractovani.

Code:

./configure

Code:

make

Code:

make install

Code:

ldconfig

 

ta zadnja komanda kod mene ne pije vode. kad je pokrenem, jednostavno se nista ne desi. morao sam uci u src folder i pokrenuti fahmon fajl. sada radi tnx.

 

Fahmon se regularno instalira, ali kada ga pokrecem kaze ovo:
Error: "Could create socket, auto-raising will not function!"

 

Svaka cast Moncho za tutorial, a i kolinsb za FahMon. Za cas posla se namjesti po ovome.

Jedini problem na koji sam ja na kraju naisao je da u mom slucaju zbog skoro 100% zauzeca CPU od strane VM padne PPD GPU clienta i to drasticno (na primjer kod WU koji daju 4.5k padne na 2k). Zasad sam to rijesio pomocu programa Process Lasso postavljajuci fahcore_11.exe i fahcore_14.exe po defaultu na high priority.

Trenutno stanje je da na taj nacin sa GPU i dalje dobijem maksimalan PPD, a od SMP opadne za jedno 300ak PPD kod ovih WU od 1920p sa kojima inace dobijem ~2600 PPD. Sve u svemu, i tih 2300 PPD od SMP je opet i vise od 10x nego sa obicnim CPU clientom koji obicno donosi ~225 PPD.

Idealan slucaj sa WU od 353 za GPU i 1920 za SMP:

 

MOze mala pomoc, uspio sam snimiti VMWare Workstation, kreirao sam Virtual Machine i instalirao Ubuntu 64 Bit 9 04.
Zapeo sam kod instalacije:
root@linux1:~# cd vm
root@linux1:~/vm# dir
bin etc INSTALL lib vmware-tools-distrib
doc FILES installer vmware-install.pl
root@linux1:~/vm# ./vmware-install.pl

izbaci mi error : Please re-run this program as super user
execution aborted

Ne mogu da se logam nikako kao root, u cemu je fol. Znam da su ovo nobovske stvari, ali nikad dosad nisam imao dodira sa Linuxom, al eto reko da pokusam taj SMP sredit, da ne propadaju PPD djaba.