Folding na Linuxu kroz virtuelnu masinu

Discussion in 'Distribuirano računarstvo i kriptovalute' started by Moncho, May 8, 2009.

  1. kolinsb

    kolinsb Veteran foruma

    imam jos nekih problemcica sa win7 + vmware. ponekad mi mis pocne lagati, tj. sporo se krece, i kao da mi uspori comp. takodjer sam primjetio, da je ppd sa 3000 (koliko sam imao na visti sa E8400 na 3,8GHz) spao na nekih 2700 poena. da li se jos nekom slicno desava?
     
  2. X-Factor

    X-Factor Komšija

    Posto vidim da se nije pisalo ovde o tome, evo jedan info kako na VM koristiti vise od 2 procesora, odnosno na jednom VM linuxu koristiti sva 4 jezgra quad core procesora na jednom smp klijentu. Dobijete nesto veci ppd i koristi se duplo manje RAM-a.
    Odite u folder u kojem su vam sacuvane virtuelne masine, lokaciju tog foldera mozete vidjeti u VMVare worstation --> EDIT--->Preferences-->Workspace tu vam pise defaultna lokacija na kojoj se nalaze V mashine.

    [​IMG]

    Zatim otvorite folder od v.mashine koju zelite editovati, prva se obicno zove Ubuntu 64-Bit.
    Prije bilo kakvog editovanje zatvorite VMVare i stopirajte sve v.mashine. Kada ste to uradili u Notepad-u ili WordPad-u otvorite file pod nazivom vase masine sa extenzijom *.VMX. U nasem primjeru Ubuntu 64-bit.vmx
    Nadjite redak sa paremtrima: numvcpus = "2", umjesto 2 stavite 4.
    obratite paznju da u redu sa parametrima: maxvcpus , varijabla bude 4. Upisivanjem veceg broja od 4 VM nece raditi, tako da u slucaju I7 procesora ce te morati praviti dvije VM-e da bi iskoritili virtuelna 4 jezgra.

    [​IMG]

    Uradite Save VMX fajla, ponovo startajte VM i foldanje moze poceti :). Finalni proizvod:

    [​IMG]

    Nadam se da ce nekome pomoci, predpostavljam da vas vecina ovo zna ali eto imao sam pozitivne namjere :mrgreen:
     
  3. extibo

    extibo Komšija

    Code:
    [email protected]:~/folding# dir
    fah6  FAH6.02-Linux.tgz  FAH6.02-Linux.tgz.1  mpiexec
    [email protected]:~/folding# ./fah6 -configonly
    [email protected]:~/folding# ./fah6 -smp -verbosity 9
    Ne mogu konfigurisati, niti pokrenuti SMP klijenat. Do cega je?

    EDIT:

    Sad odjednom prikazuje ovo:

    Code:
    [email protected]:~/folding# ./fah6 -configonly
    bash: ./fah6: No such file or directory
    [email protected]:~/folding# dir
    fah6  FAH6.02-Linux.tgz  mpiexec
    [email protected]:~/folding# 
    
    EDIT2:

    Nekim cudom sam zaboravio ovu komandu ukucati:

    Code:
    [email protected]:~/folding# apt-get install ia32-libs
    Sada radi. Sve je ok. :D
     
  4. extibo

    extibo Komšija

    Arg. Sada me Fahmon zeza. Idem add new client, upisem ime, te lokaciju gdje je [email protected] klijenat. Medjutim, iz nekog razloga nece da prikaze informacije o klijentu (PPD, deadline etc.). Do cega je?
     
  5. k0ST

    k0ST Aktivista

  6. extibo

    extibo Komšija

    Ni to ne radi. :\
     
  7. X-Factor

    X-Factor Komšija

    Drug, ja sam zadnja tri dana imao isti problem, radio mi par mjeseci fahmon normalno, i odjednom nema PPD, pise 0%, deadline nema, i eto sam od sebe proradio. Jednostavno ostavi, izgleda da se sam dohaviza :D
     
  8. extibo

    extibo Komšija

  9. k0ST

    k0ST Aktivista

    exitbo,
    ako instaliras prateci uputsva na gornjem linku fahmon ce se smjestiti u toolbar (Applications->System tools->FahMon). Ako ti ne prikaze isprve, pokusaj ili sacekati ili ga pokreci dok ne "uhvati".
     
  10. anel007

    anel007 Komšija

    evo nakon nekoliko dana mucenja oko pokretanja smp klijanta na linuxu preko vmware-a nekako sam uspio (prvi put se susrecem s Linuxom)..e sad je problem sto mi ne dopusta da kreiram shared folder nikako izbaci ovu gresku:

    [​IMG]

    pa me zanima ima li ikakav program kao sto je fahmon da se instalira na linux i ak ikako moze da se instalira normalno kao na windowsu, ona konzola me ubi i kad god pokusam nesto instalirati preko nje ne uspjevaju komende make i make install nikako (uvijek nekakve greske) :evil:
     
  11. kolinsb

    kolinsb Veteran foruma

    x puta sam bjezao od linuxa radi toga... ne radi ti jedna stvar, i onda se pocnu nizati paketi softvera koje trebas instalirati, da bi ta neka stvar proradila :S
     
  12. anel007

    anel007 Komšija

    vidim i ja to, al reko da izvucem iz compa sto je vise moguce po danu sad kad ga po noci ne ostavljam upaljenog zbog potrosnje struje cije opravdanje stara ne shvaca nikako :cry:
     
  13. dzeri

    dzeri Aktivista

    Tesko je preko VM-a ustimati pracenje i statistiku, no najbitnije je da klijent radi, a onda se preko KakaoStats ili Extreme mogu pogledati detalji i rezultati, makar za grubu procjenu.
     
  14. ReNNo

    ReNNo Overclocker

    Opet mi nastaju problemi na linuxu.

    Ponovo sam instalirao windows 7, ocitao staru virtualnu mašinu koju sam koristio na prijašnjem windowsu i nakon pokretanja mi pokazuje ovaj problem (desi se nakon nekih 5 min od startanja klijenta)

    [00:16:51] (Starting from checkpoint)
    [00:16:51] Read checkpoint
    [00:16:51] Protein: HGG in water
    [00:16:51] Writing local files
    starting mdrun 'HGG in water'
    250000 steps, 500.0 ps.

    [00:16:52] CompletExtra SSE boost OK.
    [00:16:52] 00 steps (17 percent)
    [00:16:53] Extra SSE boost OK.
    [00:23:33]
    [00:23:33] [email protected] Core Shutdown: INTERRUPTED
    [cli_3]: aborting job:
    Fatal error in MPI_Sendrecv: Error message texts are not available
    [0]0:Return code = 102
    [0]1:Return code = 0, signaled with Segmentation fault
    [0]2:Return code = 0, signaled with Quit
    [0]3:Return code = 1
    [00:23:37] CoreStatus = 66 (102)
    [00:23:37] + Shutdown requested by user. Exiting.***** Got a SIGTERM signal (15)
    [00:23:37] Killing all core threads




    I prije sam nakon reinstaliranja windowsa samo ocitao staru virtualnu mašinu i radilo je bez problema, dok ovaj put dobijam ovaj error.
    Googlao sam ali nisam nasao nista korisno.
     
  15. X-Factor

    X-Factor Komšija

    I ja imam problema, uzasno mali PPD, jedinice od ~2200 poena ne znam sad tacno i neke od 447. Cpu zauzetost varira po jezgrima od 30%-65%, PPD nekih 1300, nekad bio ~6100. Bezveze mi trosit struju za mizeran ppd, snimao client ponovo, nikakve koristi. Je li se desavalo kome nesto slicno?
     
  16. Esh

    Esh Administrator Staff Member

    Bio je problem oko Nvidia jedinica, za ove SMP nisam nista citao. Jesi li provjerio ima li sta na foldingforum?
     
  17. X-Factor

    X-Factor Komšija

    Uglavnom ljudi sa istim problemom se zale na A1 core, pa i na A2 koji je doduse nesto brzi. Rjesenja ni na mapi, osim nadati se da dobijes A3 core jedinicu :(
     
  18. k0ST

    k0ST Aktivista

    I ja sam imao slicnih problema sa linux SMP jedinicama. Zbog toga sam presao na novi Win SMP klijent (beta). Nazalost, problem nije u potpunosti rijesen, ali je Umanjen. Takodjer, puno cesce dobijem novije jedinice A3 jedinice. Bodova jeste nesto manje, ali haman ima dodatnih bonus poena tako da sam tu negdje sto se bodova tice. Folding je svakako trosak, tako da je iluzija govoriti o "isplativiosti".
     
  19. ReNNo

    ReNNo Overclocker

    Problem je riješen nakon što sam dobio novi WU.